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姑且不論此法對農地造成的影響，本文只針對法案的內容加以整理。

工廠管理輔導法明訂：

1.低污染的既有未登記工廠，須在修法後10年內取得「特定工廠登記證」，農地違章工廠必須於2039年轉型為合法工廠或是遷走中高污染工廠或關廠。

2.中央政府介入斷水電，避免地方政府不作為。

3.輔導低污染違章工廠完成公安、環安。

雖然這次修法未明列環團要求的公益訴訟條款，但違規工廠仍可被提起公益訴訟，因為其可能造成的任何形式污染，在現行法制體系皆可被提起訴訟，包含國土計畫法、環評法、土壤及地下水污染整治法等。

農地工廠兩階段合法化，落日期限20年

針對違章農地工廠，以2016年5月20日為界，在520後新增的未登記工廠，應即依法停止供電、供水及拆除；至於先前既有之工廠則分別處理，其中，中高污染的工廠將輔導轉型、遷廠或關廠，拒不配合者，可依法斷水電、拆除。

低污染的未登記工廠，須在修法後2年內向地方政府申請納管、繳納「納管輔導金」，3年內提出改善計畫，完善廢污水處理及排放機制之規劃等，於10年內完成改善並取得「特定工廠登記」，否則計畫將失效。

已取得「特定工廠」登記者，要每年繳交「營運管理金」，直到取得土地、建物合法使用證明文件為止；「特定工廠登記證」的有效期限，則在本次修法起的20年止，特定工廠須完成「使用地」變更，才得申請工廠登記。

取得特定工廠登記者，只能依現況使用，不得變更事業主體，也不得變更負責人、不得轉供他人，不得擴廠、增加產業類別等。